Contabilidad para clínicas y centros de salud: qué exige el SII

Resumen:

Los centros médicos que prestan exclusivamente servicios ambulatorios, sin alojamiento ni alimentación, están exentos de IVA en Chile desde el 1 de enero de 2023, de acuerdo con el artículo 12 letra E N°20 de la Ley de IVA. Pero esa exención tiene letra chica, ya que los laboratorios de análisis clínicos quedan explícitamente excluidos, la hospitalización no califica y cuando el pago llega vía bono de Fonasa o Isapre, el documento tributario debe emitirse a la aseguradora y no al paciente. Además, vender exento tiene un costo silencioso, porque el centro pierde el derecho a usar como crédito fiscal el IVA que pagó por sus insumos y equipamiento.

Este artículo repasa qué exige el SII a un centro de salud, cómo se documentan las atenciones pagadas con bono, y qué estructura tributaria conviene según el tamaño del centro o del médico independiente.

Contenido

1. Por qué la contabilidad de salud no se parece a las demás
2. La exención de IVA que aplica (y su letra chica)
3. Lo que sí paga IVA dentro del mismo centro
4. Cómo se factura una atención pagada con bono
5. El costo silencioso del IVA no recuperable
6. Qué estructura tributaria conviene según el tamaño
7. Errores comunes al llevar la contabilidad de salud
8. Cómo Uwigo te ayuda
9. Preguntas frecuentes

Por qué la contabilidad de salud no se parece a las demás

Si tu cartera incluye un centro médico, una clínica dental o un médico que factura por su cuenta, ya sabes que el SII los trata distinto al resto.

La mayoría de las empresas se pelean con el IVA para cobrarlo bien, mientras que en salud el problema suele ser el contrario, ya que buena parte de lo que se presta está exento y esa condición trae reglas propias de documentación, crédito fiscal y estructura societaria que no aplican en el resto de tu cartera.

La exención de IVA que aplica (y su letra chica)

Desde el 1 de enero de 2023, los centros que prestan servicios de salud ambulatorios están exentos de IVA, de acuerdo con el artículo 12 letra E N°20 de la Ley de IVA. Para que aplique, el centro debe cumplir tres condiciones: no proporcionar alojamiento, estadía ni alimentación, no realizar tratamientos propios de hospitales, clínicas o maternidades con internación y limitar su actividad a prestaciones ambulatorias.

La exención también cubre los insumos y medicamentos usados durante el procedimiento, siempre que estén incorporados al precio final de la prestación y no se vendan por separado.

Lo que sí paga IVA dentro del mismo centro

Acá está el detalle que más confusión genera. Los servicios de laboratorio de análisis clínicos quedan excluidos de forma explícita de esta exención, así que un centro que además ofrece toma de exámenes debe separar esa línea de negocio y facturarla con IVA. Lo mismo pasa con cualquier prestación que implique hospitalización o internación, ya que ahí deja de aplicar la exención ambulatoria.

Un centro con varias líneas (consultas, laboratorio, procedimientos con hospitalización breve) probablemente necesita convivir con tratamientos tributarios distintos dentro de la misma razón social.

Cómo se factura una atención pagada con bono

Cuando la atención se paga con un bono de Fonasa o Isapre, el documento tributario no se emite al paciente, ya que quien contrata el servicio es la institución previsional y el centro actúa como cobrador del copago frente a ella.

La facturación correcta va dirigida a Fonasa o a la Isapre, de forma mensual, incluyendo el copago dentro de esa misma factura con la glosa "Copago".

Emitirle boleta al paciente por su copago, un error frecuente, no corresponde a la lógica tributaria de este tipo de prestaciones.

El costo silencioso del IVA no recuperable

Cuando las ventas de un centro están exentas de IVA, ese centro pierde el derecho a usar como crédito fiscal el IVA que pagó al comprar insumos, equipamiento médico o servicios contratados. Ese IVA no se recupera y termina formando parte del costo de la prestación, algo que no ocurre en la mayoría de los demás rubros de tu cartera. Vale la pena incorporar este efecto al costeo, porque de lo contrario el margen real termina siendo más bajo de lo que muestra la contabilidad a primera vista.

Qué estructura tributaria conviene según el tamaño

La estructura tributaria de un médico o centro de salud suele evolucionar con el nivel de ingresos:

• Boleta de honorarios (persona natural): Funciona bien mientras los ingresos anuales se mantienen cerca de las 50 UTA (unos $40,5 millones), tope hasta donde rinde la deducción de gastos presuntos.
• Sociedad de profesionales: Resuelve la exención de IVA cuando el médico factura sobre todo a personas naturales o isapres, siempre que los socios sean personas naturales tituladas y la prestación sea profesional.
• SpA acogida al régimen Pro Pyme (14 D N°3): Conviene con ingresos más altos, ya que permite deducir gastos reales sin tope, aplicar una tasa reducida de primera categoría y diferir el Global Complementario hasta el retiro de utilidades.

Elegir mal esta estructura, o no revisarla a medida que el médico crece, suele costar más en impuestos que cualquier otro error de la contabilidad del centro.

Errores comunes al llevar la contabilidad de salud

1. Tratar todo el centro como exento sin revisar cada línea de servicio: Laboratorio y hospitalización no comparten la exención ambulatoria.
2. Facturar el copago directamente al paciente: El documento debe ir a Fonasa o a la Isapre, con la glosa "Copago".
3. No ajustar el costeo por el IVA no recuperable: Ese IVA es un costo real, no un dato menor que se puede ignorar al fijar precios.

Cómo Uwigo te ayuda

Llevar la contabilidad de un centro de salud junto con el resto de tu cartera exige manejar reglas de IVA que no aplican en ningún otro cliente, desde la exención ambulatoria hasta la facturación por bono. 

Para los estudios contables que ya atienden pymes y quieren crecer incorporando rubros nuevos, Uwigo centraliza en un solo panel la contabilidad, las compras, las ventas, la conciliación bancaria vía Fintoc, las remuneraciones con PreviRed y la sincronización nativa con el SII, con automatización e IA integradas de fábrica, sin módulos parchados. Eso significa que cuando un cliente nuevo entra a la cartera, el contador no reconfigura el proceso: las reglas tributarias chilenas (F29, LRE, Ley 40 Horas) ya están cubiertas desde el plan base, y el estudio escala sumando empresas al mismo panel en lugar de sumar horas-hombre.

Preguntas frecuentes

¿Los centros médicos pagan IVA en Chile?
Los centros que prestan exclusivamente servicios ambulatorios, sin alojamiento ni alimentación, están exentos de IVA desde el 1 de enero de 2023, según el artículo 12 letra E N°20 de la Ley de IVA.

¿Los laboratorios de análisis clínicos están exentos de IVA?
No. La ley excluye explícitamente los servicios de laboratorio de la exención de IVA aplicable a las prestaciones ambulatorias.

¿Cómo se factura una atención pagada con bono de Fonasa o Isapre?
El documento tributario se emite a la institución (Fonasa o Isapre), no al paciente, ya que es ella quien contrata el servicio. El copago del paciente se incluye dentro de esa facturación mensual con la glosa "Copago", sin boleta aparte.

¿Qué estructura tributaria conviene para un médico o centro de salud?
Depende del nivel de ingresos. La boleta de honorarios funciona hasta cerca de 50 UTA anuales (unos $40,5 millones), la sociedad de profesionales resuelve específicamente la exención de IVA, y una SpA acogida al régimen Pro Pyme (14 D N°3) permite deducir gastos reales y aplicar una tasa reducida de impuesto de primera categoría a partir de ese nivel de ingresos.

¿Por qué el IVA de los insumos puede convertirse en un costo para una clínica?
Porque cuando las ventas están exentas de IVA, el centro no tiene derecho a usar como crédito fiscal el IVA que pagó al comprar insumos o equipamiento, por lo que ese IVA termina formando parte del costo del servicio en vez de recuperarse.

Recuerda estar siempre al pendiente de nuestro blog y nuestro canal de YouTube porque estamos subiendo bastante contenido de interés para contadores, estudios contables y empresas. Además, síguenos en las redes sociales de Uwigo y, si quieres conocer más sobre Uwigo, entra al sitio web o agenda una demo y un ejecutivo se contactará contigo.