Contabilidad para ecommerce: qué exige el SII
By
Erika Moreno
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Resumen
El comercio online en Chile dejó de ser un punto ciego para el SII, ya que desde julio de 2025 se cruzan en forma casi automática los datos de terminales de venta y medios de pago con los documentos tributarios declarados, y desde enero de 2026 el SII puede ordenar directamente a las pasarelas de pago que retengan el IVA de un vendedor con incumplimientos detectados, antes de que el dinero le llegue. A eso se suma que, desde julio de 2026, quienes venden a través de marketplaces deben declarar sus liquidaciones-factura con nuevos códigos específicos en el Formulario 29. La regla de fondo no cambió con boleta para consumidor final, factura para empresas que la solicitan, pero la vigilancia sobre su cumplimiento sí, y de forma significativa.
El cerco se cerró: línea de tiempo de la fiscalización al ecommerce
De boleta obligatoria a retención de IVA en tiempo real
Conciliar lo que entra por la pasarela de pago contra lo declarado, mes a mes y cliente por cliente, es mucho más simple con todo centralizado en Uwigo.
Contenido
- El mito de que el ecommerce se fiscaliza menos
- Qué documento corresponde según quién compra
- Si tu cliente vende a través de un marketplace: la liquidación-factura
- El SII ya puede pedirle a la pasarela de pago que retenga el IVA
- Errores frecuentes de boleteo en tiendas online
- Qué debe hacer tu estudio contable desde ya
- Preguntas frecuentes
El mito de que el ecommerce se fiscaliza menos
Durante años, vender por internet en Chile tuvo un nivel de fiscalización notoriamente más bajo que el comercio presencial. La Cámara Nacional de Comercio llegó a estimar que hasta un 40% de las ventas online se hacían sin emitir ningún documento tributario. Ese margen se cerró. Desde julio de 2025, el SII empezó a cruzar la información de terminales de venta y medios de pago electrónico con los DTE efectivamente declarados, apuntando a una fiscalización casi en tiempo real durante 2026.
Si lo traemos a lo práctico, significa que si el dinero entra a la cuenta bancaria o a la cuenta de la pasarela de pago de tu cliente y esa venta no aparece reflejada en una boleta o factura, el SII lo detecta de forma automática, no en una auditoría manual años después.
Si tienes clientes que venden online, este es el contexto que deberías transmitirles: la brecha entre lo que reciben y lo que declaran ya no pasa desapercibida.
Qué documento corresponde según quién compra
La regla de base no debería cambiar por vender online, pero conviene repasarla porque es donde más se equivocan las tiendas nuevas:
- Boleta electrónica: Se emite quiere a un consumidor final (persona natural que no necesita usar el IVA como crédito). Es obligatoria para todas las ventas desde 2021, sin excepción para ecommerce, y debe enviarse al SII dentro de la hora siguiente a su emisión.
- Factura electrónica: Se emite cuando el comprador es una empresa con Inicio de Actividades que necesita acreditar la compra como gasto o usar el IVA como crédito fiscal. En ecommerce B2C, la factura es la excepción, no la regla — se emite solo si el cliente empresa la solicita.
- Guía de despacho: Obligatoria para acompañar la mercadería en tránsito. Si tu cliente despacha productos físicos, este documento no es opcional.
No hay que caer en el error de pensar que porque la venta fue por internet, el criterio de boleta vs. factura cambia. Lo que define el documento es quién compra, no el canal de venta.
Si tu cliente vende a través de un marketplace: la liquidación-factura
El punto que muchos estudios contables todavía no tienen mapeado es que cuando un cliente vende a través de un marketplace o plataforma de intermediación (piensa en modelos de comisionistas o consignatarios), la operación no se documenta con una boleta o factura normal, sino con una liquidación-factura, según lo establecido en el artículo 73 del Reglamento de la Ley de IVA.
Esto conlleva una novedad reciente y muy concreta que a contar del período tributario de julio de 2026, el SII incorporó nuevos códigos en el Formulario 29 (código 818, entre otros) específicamente para declarar la cantidad de liquidaciones-facturas emitidas y el débito fiscal correspondiente a operaciones hechas por cuenta de terceros.
Si tienes clientes que venden a través de marketplaces y hasta ahora declaraban esas operaciones de forma genérica, esto cambia cómo se reporta desde julio.
El SII ya puede pedirle a la pasarela de pago que retenga el IVA
Desde enero de 2026, si el SII detecta antecedentes de incumplimiento tributario en una empresa, puede ordenar directamente a los administradores de medios de pago electrónico que retengan el IVA de las transacciones antes de que el dinero llegue a la cuenta del vendedor. No es una multa después del hecho: es una intervención sobre el flujo de caja, en tiempo real.
Esta facultad se enmarca dentro de la Ley N°21.713 de Cumplimiento de Obligaciones Tributarias, que ya venimos siguiendo de cerca en este blog. Para un cliente de ecommerce, el riesgo concreto es que un historial de inconsistencias entre lo que factura y lo que efectivamente recibe puede traducirse en menos liquidez disponible, no solo en una fiscalización futura.
Errores frecuentes de boleteo en tiendas online
- No emitir boleta en ventas por WhatsApp o redes sociales, por asumir que si no pasó por una plataforma "formal" no cuenta como venta documentable. Cuenta igual.
- Confundir boleta con factura y facturarle a un consumidor final que no tiene Inicio de Actividades, lo que genera un documento mal emitido y potenciales problemas para anularlo.
- No declarar el modelo de emisión correcto cuando se reciben pagos por tarjeta u otros medios electrónicos. El SII pide informar esto explícitamente en la opción "Declaración de modelo de emisión".
- No llevar el Registro de Compras y Ventas (RCV) al día, lo que hoy es más riesgoso que nunca dado el cruce de información casi en tiempo real entre medios de pago y DTE.
- Certificado digital vencido justo en temporada alta de ventas (CyberMonday, Navidad), dejando al cliente sin poder emitir documentos por días.
Qué debe hacer tu estudio contable desde ya
- Revisa el modelo de emisión declarado de cada cliente ecommerce en el SII, y confirma que corresponda a cómo efectivamente reciben pagos (tarjeta, transferencia, efectivo).
- Si algún cliente vende a través de un marketplace, confirma si está emitiendo liquidación-factura correctamente y prepárate para los nuevos códigos del Formulario 29 vigentes desde julio de 2026.
- Concilia mensualmente lo que entra a la cuenta bancaria o pasarela de pago del cliente contra lo declarado en boletas y facturas, no esperes a que lo haga el SII por ti.
- Revisa vencimientos de certificados digitales antes de las temporadas de alta venta, no durante.
- Educa al cliente sobre que el canal de venta (redes sociales, WhatsApp, tienda propia) no cambia la obligación de documentar, solo cambia cómo se ve la venta, no si hay que boletearla.
Preguntas frecuentes
¿Es obligatorio emitir boleta en las ventas por internet en Chile?
Sí, desde 2021, todas las ventas a consumidor final deben documentarse con boleta electrónica, sin excepciones para el comercio online.
¿Qué documento se usa cuando se vende a través de un marketplace?
Una liquidación-factura, conforme al artículo 73 del Reglamento de la Ley de IVA, aplicable a operaciones realizadas por cuenta de terceros (comisionistas, consignatarios e intermediarios).
¿El SII puede retener el IVA directamente de las ventas online?
Sí, desde enero de 2026, si detecta incumplimiento tributario, el SII puede ordenar a los administradores de medios de pago electrónico que retengan el IVA de las transacciones antes de que el dinero llegue a la cuenta del vendedor.
¿Cuándo hay que emitir factura en vez de boleta en una venta online?
Solo cuando el comprador es una empresa con Inicio de Actividades que solicita la factura para acreditar la compra como gasto o usar el IVA como crédito fiscal.
¿Qué cambió en julio de 2026 para quienes venden por marketplace?
El SII incorporó nuevos códigos en el Formulario 29 para declarar específicamente la cantidad de liquidaciones-facturas emitidas y el débito fiscal de operaciones por cuenta de terceros.
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